Het IJsselmeerkommando is opgericht op 1 mei 1943. Deze groep of dit onderdeel was een reactie op verschillende gebeurtenissen in Nederland tijdens de oorlog.

Na de Duitse inval in Nederland werden de politie diensten en militaire bewakingstaken op het water door verschillende organisaties uitgevoerd. Waarvan de Marine Kusten Polizei veel taken moest vervullen en er personeel van de Wasserschutzpolizei bij M.K.P. ingezet werd. Voor het uitbreken van de Tweede wereldoorlog was de M.K.P. bedoeld voor het bewaken en controleren van de grenswateren en havenplaatsen als een douane eenheid.

Ook de Kriegsmarine bewaakte locaties in Nederland.  In het bezette Nederland waren veel militair en economisch belangrijke locaties voor de Duitse bezetter. De kriegsmarine maakte gebruik van Nederlandse havens en fabrieken die daardoor als belangrijke doelwitten dienden voor de Geallieerden.

De hiërarchie in het Duitse militaire leger en de top van de nazi partij veroorzaakte in sommige gevallen onduidelijkheid en overlapping van taken. De Wasserschutzpolizei was van origine een organisatie om in een civiele omgeving haar  taken uit te voeren. Doordat alle politie organisaties aan de S.S.  waren toegevoegd werd de Wasserschutzpolizei genazificeerd. Waardoor de organisatie steeds meer militair ingezet werd. 

Door de duur van de oorlog en de veranderende oorlogskansen werden de bewakingstaken van de Wasserschutzpolizei op het IJsselmeer steeds diverser. Door het groter wordende geallieerde luchtoverwicht boven Nederland was het IJsselmeer een zwakke plek in de luchtverdediging. Daarnaast was het IJsselmeer een zwakke plek in de controle op personen vervoer en voedseltransporten. Ook het Englandspiel en de naderende invasie was voor Heinrich Himler een reden een vaste organisatie aan het IJsselmeer te verbinden.